西元2000年之前，地質學者普遍認為龜山島是死火山，直到台灣海洋大學地球科學研究所教授李昭興搭乘日本海洋科技中心潛水艇至龜山島附近海底探勘之後，這個看法才有了改變。李昭興教授當時在龜山島海域60海里內至少發現70座火山，其中有十幾座屬於活躍型的火山。
科學研究講求數據與證據，李昭興教授從西元2000年開始進行龜山島地質研究，當年8月，他與日本海洋科技中心一同搭乘「深海6500」及「橫須賀」潛水艇，在龜山島及其以東海域，進行海底火山勘察。李昭興教授表示，經由側掃聲納影像可以看到龜山島東部海域熱泉區兩側海床的構造，熱泉向上噴出的情景呈現閃亮的光團，如同夜間煙火齊放。而熱泉口附近瀰漫著煙氣和氣泡，噴泉聲響隆隆震耳，彷若是地球的心臟在跳動。熱液的溫度介於攝氏45至60度之間，愈往噴口內部溫度愈高，最高可達攝氏126度，但因為海水迅速稀釋，所以不會對潛水人員造成傷害，李昭興也在這裡發現耐得住100度以上高溫的「烏龜怪方蟹」。
「烏龜怪方蟹」是台灣特有的新種螃蟹，屬於方蟹科，弓蟹亞科，怪方蟹屬。被命名為「怪方蟹」，是因牠的外形與日本的怪方蟹相似，「烏龜」則是取它的頭胸甲背面隆起，長相類似烏龜外殼而得。巧合的是被發現的地點又是在龜山島海域，因此命名為「烏龜怪方蟹」。
除此之外，研究團隊透過高音頻的水下聲納系統，也探測出海底火山的外貌。其中第2號的火山座落於水深1千5百公尺處，體積與龜山島相近，底座約2公里，高度400公尺，火山口的噴煙有400公尺高，景象相當壯觀。
除海底實地觀測，李昭興教授及台灣海洋大學研究團隊也在龜山島鑽井探測。李昭興教授說，西元2003、04年間，研究團隊與地質調查所合作在龜山島進行鑽井，當時鑽井設備是以直升機分批載運至島上，之後再利用龜山島遷村前居民留下的菜園進行組裝。而鑽井的目的，主要是想了解龜山島火山的歷史，而這口井目前還在，地質調查所每年都會有好幾次到這裡拿取資料，從這些資料上面就可以看出火山是否有在活動，如果活動，溫度就會有變化。李昭興指出，曾經在地震前發現地熱有浮上來的情形，這就是火山還在活動的證據。
李昭興教授也提到，台灣大學陳于高教授也曾研究龜山島火山，他發現「石英石」被火山熔岩包住，而「石英石」溶解之後，就可以定出火山爆發的年份，當時定出的年份是7000年前曾噴發，陳于高教授對這樣的數據也不敢置信，因為我們（指陳于高教授與李昭興教授本人）以前所受的教育都認為龜山島是200萬年前噴發的死火山。
李昭興教授說，直到他搭乘日本海洋科技中心潛水艇至龜山島附近海底探勘之後，才進一步確認龜山島是活火山。李昭興教授進一步解釋活火山的定義，他說，在人類一萬年的歷史洪流中曾經噴發過，或底部仍然與岩漿庫有連通的火山，都可歸類為活火山。而許多科學證據都顯示，龜山島及其東方海域的海底火山兼具這兩種特性，所以應可歸類為活火山。
